Nếu cấp nước sạch tại TP HCM hiện nay đạt 1,2 triệu m3/ngày đêm thì các hệ thống nước thải sinh hoạt, nước thải công nghiệp xả ra 1 triệu m3, trong đó đến hơn 90% là chưa qua xử lý. Theo Chi cục Bảo vệ môi trường thuộc Sở Tài nguyên môi trường TP HCM, hầu hết các kênh rạch nội thành đều bị ô nhiễm các chất hữu cơ, kim loại nặng, ô nhiễm vi sinh...
Đơn cử, nồng độ ôxy hòa tan (DO) đo được ở tất cả các trạm quan trắc đặt tại 4 hệ thống kênh rạch chủ yếu của thành phố đều cho giá trị rất thấp, không đạt tiêu chuẩn cho phép đối với nước mặt loại B. Thậm chí các vị trí Ông Buông, Hòa Bình, Ruột Ngựa nồng
độ DO = 0, vì vậy hầu hết các loại động vật thủy sinh, đặc biệt là cá, đều không thể sống được trong môi trường nước của các kênh rạch nội thành TP HCM. Tính toán của Chi cục Bảo vệ môi trường, khu vực dọc tuyến kênh Thầy Cai - An Hạ có 120 đơn vị sản xuất thì chỉ 37 đơn vị có hệ thống xử lý nước thải. Lượng nước thải dọc tuyến kênh Tham Lương - Bến Cát - Vàm Thuật khoảng 21.942 m3/ngày đêm. 79 đơn vị sản xuất dọc kênh Lò Gốm - Tân Hóa đều thuộc ngành sản xuất gây ô nhiễm như dệt, nhuộm, xeo giấy, chế biến thực phẩm, công nghiệp hóa chất... với lưu lượng hơn 7.000 m3 nước thải ngày đêm chưa qua xử lý.
Tiến sĩ Nguyễn Đình Tuấn, Chi cục trưởng Chi cục bảo vệ môi trường thành phố, cho biết, nguyên nhân suy thoái và ô nhiễm môi trường nước kênh rạch nội thành là do hầu hết lượng nước thải sinh hoạt chưa qua hệ thống xử lý đảm bảo đạt tiêu chuẩn môi trường đã được xả trực tiếp vào các kênh rạch chính làm gia tăng độ ô nhiễm hữu cơ và vi sinh. Đồng thời phần lớn lượng nước thải công nghiệp cũng đều chưa qua xử lý hoặc qua xử lý nhưng vẫn chưa đạt tiêu chuẩn cho phép trước khi xả vào hệ thống kênh rạch càng làm tăng thêm mức ô nhiễm hữu cơ và kim loại nặng. Vấn đề đáng báo động hiện nay là nguy cơ ô nhiễm, cạn kiệt môi trường nước và ý thức của người sử dụng, thụ hưởng nguồn nước. Theo các nhà khoa học, nguồn nước sạch của thành phố được lấy từ chính những nguồn cung cấp nước trong môi trường như nước sông, nước ngầm, nước mưa... xử lý thành nước sạch. Chính vì vậy khi môi trường nước càng bị ô nhiễm thì nguy cơ ô nhiễm nguồn nước sạch càng cao. Người thụ hưởng nước sạch cũng là người làm dơ bẩn nguồn nước nên cuối cùng phải trả giá cho hành động của mình.